O centroavante iniciou a carreira nos times de base do Atlético-MG, pelo qual foi campeão brasileiro de seleção estadual Sub-20. Paralelamente ao futebol de campo, Rafael Moura também jogava futsal pelo Minas Tênis Clube, sendo tricampeão brasileiro e artilheiro dos campeonatos. A vivência nas quadras ampliou a qualidade técnica do atacante, que depois de estrear pelo time profissional do Galo, transferiu-se para o Vitória-BA em 2004.
No final da temporada 2005, após recuperar-se de uma fratura no pé, acertou com o Paysandu. Marcou muitos gols pelo time de Belém do Pará e reforçou o Corinthians no ano seguinte. Foi nesta época que ganhou o apelido de 'He-Man', pela garra e semelhança física que tem com o super-herói.
Em 2007, Moura foi para o Fluminense e conquistou o título da Copa do Brasil. No segundo semestre foi emprestado para o Lorient, da França. Na segunda metade de 2008 retornou para o Brasil para defender o Atlético-PR. No ano seguinte, foi campeão estadual e artilheiro do campeonato, com 14 gols. Em 2010 foi contratado pelo Goiás e foi destaque na campanha do vice-campeonato da Copa Sul-Americana – foi artilheiro do torneio, com 8 gols. No começo da temporada 2011 retornou ao Fluminense. Participou da conquista do Campeonato Carioca de 2012.
O Internacional adquiriu 100% dos direitos econômicos do jogador pelo período de quatro anos.
Clubes:
Atlético-MG (2003 - 2004)
Vitória (2004)
Paysandu (2005)
Corinthians (2006)
Fluminense (2007)
Lorient-França (2007 - 2008)
Atlético-PR (2008 - 2010)
Goiás (2010)
Fluminense (2011-2012)
Inter (desde agosto de 2012)
Título:
Gauchão: 2013
